不可以。根据查询会计学堂官网显示，销售免税药品增值税进项税额不能抵扣，会导致账单审核不通过，已经抵扣的要做进项税额转出处理。
销售免税药品增值税进项税额不能抵扣，已经抵扣的要做进项税额转出处理。
应税项目的进项税可以抵，免税项目的进项税是不能抵扣的。能不能抵扣进项，主要是看有没有取得抵扣凭证。一般来说，销售免税货物是不允许开具增值税发票的（农民除外），只能开具普通发票，因此购买方无法抵扣。以免交增值税的货物叫免税商品。这类货物不交增值税，也就不能开增值税发票。
四）国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品；（五）本条第（一）项至第（四）项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。因此，购进制药原料一批4万，增值税专用发票上注明税款6800元，该原料用于生产免税药品，当期可抵扣的进项税为0.水费和电费也不可以抵扣。
1、免税产品销售不能开具增值税发票，因为属于不能开具增值税发票情形之一。不能开具增值税专用发票：（1）向个人消费者销售应税项目。由于个人消费者没有进项税的抵扣需要，所以没必要开具专用发票，只需要开具普通发票就可以了。（2）销售免税产品。
2、纳税人销售免征增值税的，通过税控发票系统开具时，应在发票“增值税税率”或“征收率”栏选填0，这是对免税项目开具发票按0税率填写做的明确规定。绿化苗木、花卉是自己种植的免征增值税。享受优惠政策的审批在所在地的国家税务局办理税务登记后，可以办理免税手续，同时可以申请购买发票。
3、销售自产农产品免征增值税开具发票的方法销售自产免税农业产品的纳税人只能领购、开具普通发票。具体的规定如下：根据《增值税暂行条例》有关规定：农业生产者销售自产的农业品，予以免征增值税。如果应税劳务或销售货物适用免税规定的，则不得开具增值税专用发票。
4、事先建立商品库的时候，在 “系统设置--商品编码--增加”中，在出现项目中税率默认为 3%（务必修改） ，企业选择本单位实际税率 进行修改 ，开票时选择相应项目后 确定税率是否正确后完成发票开具。
销售免税药品是不需要交增值税的。既然是免税药品，那就说明这个免税药品对应的收入是不需要缴纳增值税的。销售免税药品账务处理是，借：应收账款等科目，贷：主营业务收入，这个分录就不需要做应交税费—应交增值税账务处理是。
所以，如果你企业是一般纳税人，那药品的税率是17%。
销售免税药品进项税转出会计分录：借：库存商品（或原材料等），贷：应交税费---应交增值税（进项税额转出），免税项目不缴纳增值税，为生产免税项目产品所耗费的购进货物或应税劳务已抵扣的进项税额，必须从当期进项税额中扣除。
销售50万元免税药品应做分录：借：银行存款 50万元 贷：主营业务收入 50万元 这里没有销项税额，即收入为不含税数额，但有进项税额3万元，需要将免税销售50万元药品需要承担的1万元进项税额转出。最后结转免税药品成本。
